超聲波清洗機已廣泛應用于實驗室，如萃取、清洗、乳化等。由于其高效率、高節能、高自動化等無可比擬的優勢，被廣泛應用于各行各業。
超聲波清洗機采用超聲波的空化效應原理，可以清洗物體表面的污垢，超聲空化會使微小氣泡的破裂產生巨大的壓力，使細胞壁的破裂瞬間完成，縮短破碎時間，分離雜質達到萃取等目的。同時，超聲波產生的振動增強了物質的釋放、擴散和溶解，可顯著提高提取率。與常規提取方法相比，超聲波輔助提取技術具有提取效率高、提取時間短、能耗低等優點。
乳化是液體以極微小的狀態分散在另一種不相容的液體中形成乳液的過程。實驗室超聲波清洗機中的乳化是利用超聲空化和機械作用剪切大分子并使其均勻化，達到乳化效果。此外，超聲波的作用還可以增加一些不溶于水的物質的活性，使其分散均勻或溶于水。
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